Das Kölner Tatort-Team ist diesmal mit einem besonders mysteriösen Fall konfrontiert. Marco Steinbrück vom Kölner Jugendamt wurde erschlagen und ein vierjähriges Mädchen ist spurlos verschwunden. Max Ballauf und Freddy Schenk ermitteln. Eigentlich hatte Sozialarbeiter Steinbrück die kleine Clara Karstmann in ein Heim bringen sollen. War der Mord an ihm eine Verzweiflungstat der Eltern? Am Tatort treffen die Kommissare Ballauf und Schenk die betrunkene Stefanie Karstmann, Klaras Mutter, die gerade von einer durchzechten Nacht nach Hause kommt. Schon öfter hat die sehr junge Frau ihre kleine Tochter in der verwahrlosten Wohnung alleingelassen. Stefanie glaubt, dass Michael Donker, Claras Vater, sie mitgenommen hat. Er hatte sie schon einmal entführt. Im Jugendamt sind das Kind und die jungen Eltern keine Unbekannten, wie die Kommissare von Jugendamtsleiter Kampnagel und seinem Stellvertreter Hellwig erfahren. Bei ihren Ermittlungen stoßen sie aber auch auf Tanja und Axel Küppers. Auf ihrem liebevoll renovierten Bauernhof am Stadtrand bietet das Ehepaar Pflegekindern ein neues Zuhause. Vor kurzem haben sie abgelehnt, Clara Karstmann als Notfall aufzunehmen. Warum nur?

Eigentlich sollte es ein schöner Sonntagsausflug werden, den Kluftinger da zusammen mit seiner Familie und Yumiko, der neuen Freundin seines Sohns Markus, am Alatsee unternimmt. Aber ein toter Taucher, der gar nicht tot ist, und auch sonst nicht der, für den man ihn hält, verhindert fürs Erste die Familienzusammenführung. Da sich der Alatsee auf dem Terrain der Füssener Dienststelle befindet, ist Kluftinger bei diesem Fall gezwungen, mit der ungeliebten Kollegin Friedel Marx zusammenzuarbeiten. Und nicht nur, dass die Marx die eingespielten Kräfteverhältnisse in Kluftingers "G'schäft" aus dem Gleichgewicht zu bringen droht. Auch in seiner Familie sieht Kluftinger seine Gewohnheiten infrage gestellt. Mit einer Japanerin als Schwiegertochter in spe hat er nicht gerechnet. Kluftinger hat mit Ängsten und eigenen Vorurteilen zu kämpfen und mit seinen hilflosen Bemühungen, den weltoffenen Allgäuer zu geben. Der verunglückte Taucher war Mitglied einer Forschergruppe der Uni München, die mit Hilfe eines wertvollen Tauchroboters die Purpurbakterienschicht des Sees wissenschaftlich untersucht. Er hatte sich dort unter falschem Namen eingeschmuggelt. Aber in der Forschergruppe um Prof. Bittner bleibt er nicht der einzige falsche Student, der hier noch anderes im Sinn hat als rote Bakterien. Neben den Studenten taucht in Kluftingers Ermittlungen schon bald eine Gruppe alter Männer auf, deren Bund in den Zweiten Weltkrieg zurückreicht. Damals betrieben die Nazis geheime Forschungen am Alatsee. Und es wurden schwere rätselhafte Kisten in aller Eile und Heimlichkeit im See versenkt. Wer sich an diese Zeit noch besonders gut erinnern kann, ist der alte Martl, dessen Bruder im Zusammenhang mit den Nazi-Machenschaften am Ende des Kriegs ermordet wurde. Hängt der Fall um Martls Bruder mit dem des untoten Tauchers von heute zusammen? Was haben die Alten mit den Jungen zu tun, und was ist tatsächlich in den Kisten, die auf dem Seegrund liegen? Neben kraftraubenden Ermittlungen sieht sich Kluftinger auf der Suche nach dem Geheimnis, das auf dem Seegrund schlummert, den mysteriösen Kräften des Alatsees ausgesetzt. Das Gewässer hat sein Qi verändert. Das jedenfalls glaubt der Schamane und Wasserexperte Schnalke, der am See wohnt und ihn bewacht. Kluftingers Welt gerät ins Wanken: Ein Toter ist nicht tot. Ein vermuteter Mann eine Frau. Auf seinem Bürostuhl sitzt plötzlich die Marx. Sein Sohn droht nach Japan zu gehen. Eine heftige Erkältung attackiert sein Immunsystem. Alles scheint in Veränderung. Nichts ist mehr, wie es war. Ein Alptraum für Kluftinger, der doch mehr als jeder andere an dem festhalten will, was ist und nach seinem Wunsch auch immer bleiben soll.